Ekspertki i eksperci z dziedziny nauki o materiałach stwierdzają, że właściwości chemiczne materiału PET (polietylenu tereftalanu) są stabilne, a sam materiał nie jest toksyczny i nie ulega zmianie przy przechowywaniu w temperaturze poniżej 40 °C oraz wilgotności względnej powietrza wynoszącej 40–60%. Należy unikać bezpośredniego działania promieni słonecznych oraz wysokich temperatur, ponieważ butelki z PET mięknieją i ulegają odkształceniom przy temperaturach przekraczających 70 °C. Dodatkowo nawet butelki przeznaczone do żywności i do zastosowań medycznych, spełniające normy opakowań farmaceutycznych, tracą swoja integralność strukturalną. Najprostszym rozwiązaniem jest posiadanie zamkniętego i wentylowanego magazynu wyposażonego w urządzenia zacieniające ściany zewnętrzne oraz włączone systemy wentylacji, aby zapobiec gromadzeniu się stojącego powietrza. W obszarach o wysokiej wilgotności otoczenia stosuje się odsuszacze powietrza, aby zapobiec skraplaniu się wilgoci na powierzchni butelek – co powoduje odpadanie etykiet – oraz uniknąć wtórnej kontaminacji butelek.
Skuteczne przechowywanie sypkich butelek PET oznacza, że rodzaj palety oraz gęstość układania mają bezpośredni wpływ na integralność butelek. Puste butelki PET przeznaczone do żywności oraz butelki PET z rozpylaczem kosmetycznym mogą być układane maksymalnie w 3 warstwy na sztywnych i płaskich paletach plastikowych. Większa liczba warstw może spowodować odkształcenie podstawy butelek w wyniku wypchnięcia. Układanie napełnionych butelek PET należy ograniczyć o jedną warstwę, a na powierzchniach styku należy umieścić miękkie podkładki zapobiegające uderzeniom. Do zabezpieczenia całej palety należy użyć folii rozciągliwej, przy czym szyjka butelki powinna znajdować się w granicach wymiarów palety, aby uniknąć uszkodzeń podczas transportu. W przypadku masowego przechowywania najbardziej odpowiednie są standardowe palety o wymiarach 1,2 × 1,0 m, ponieważ są one kompatybilne z większością urządzeń stosowanych w logistyce i minimalizują ryzyko uszkodzenia butelek podczas wtórnego manipulowania.

Klasyfikacja według scenariuszy zastosowania jest bardzo powszechna w przypadku butelek PU ze względu na różniące się wymagania związane z ich przechowywaniem.
Butelki z PET przeznaczone do soków i mlecznych herbat czajowych muszą być przechowywane osobno od innych artykułów. Obszar, w którym są one składowane, jest wyłożony podłożem zapobiegającym poślizgowi i wilgoci. Butelki z PET przeznaczone do żywności są przechowywane w osobnym pomieszczeniu – kabince – oddzielonym od butelek z chemikaliami i środkami owadobójczymi oznaczonych etykietami na odległość przekraczającą 2 metry, aby zapobiec wszelkim przypadkom zanieczyszczenia krzyżowego. Butelki z PET przeznaczone do zastosowań medycznych z korkami uniemożliwiającymi otwarcie przez dzieci powinny być przechowywane w zamkniętej szafce. W celu przechowywania tej szafki zastosowano pojedynczą wewnętrzną półkę, aby zmniejszyć ryzyko utraty uszczelnienia uniemożliwiającego otwarcie przez dzieci. Spray do kosmetyków w butelce z logo powinien być przechowywany z użyciem piankowej wkładki minimalizującej przesuwanie się butelek. Aby zapobiec zadrapaniu loga na niestandardowych produktach z nadrukowanym logo, należy je pakować indywidualnie. Takie rozwiązanie przechowywania umożliwia efektywne pobieranie zamówień lub sortowanie towarów w magazynie.
Hurtowa sprzedaż i magazynowanie PET w dużych ilościach wymagają ścisłej kontroli partii oraz inspekcji jakości. Każda partia hurtowo zakupionych butelek PET powinna być oznaczona datą zakupu, specyfikacją produktu oraz stosownymi kategoriami i przechowywana partiami w wyraźnie wydzielonych strefach magazynu. Inspekcje powinny odbywać się co trzy dni i obejmować sprawdzenie deformacji корпусu butelek, nienaruszalności uszczelek oraz pełności oznakowania. W przypadku butelek PET przechowywanych przez ponad miesiąc należy przeprowadzić losowe pobieranie próbek w celu testowania szczelności i integralności konstrukcyjnej корпусu butelki. Na przykład dla 60-ml butelek rozpylaczowych z PET stopień pobierania próbek z danej partii powinien wynosić co najmniej 1%, a wykryte produkty wadliwe należy usunąć i izolować, aby zapobiec ich wpływowi na procesy produkcyjne i użytkowe. Zastosowanie tej metody standaryzacji pozwala znacznie zapewnić jakość i spójność produktu poprzez obniżenie wskaźnika wadliwych butelek PET podczas magazynowania.
Przechowywanie zgodne z przepisami, w połączeniu z oszczędnościami kosztowymi, zapewnia sposób na utrzymanie wysokiej jakości słoików PET przechowywanych luzem dzięki naukowo uzasadnionym metodom magazynowania. W połączeniu z systemem zarządzania bezpieczeństwem i higieną pracy w zakresie operacyjnym magazyn musi spełniać wymagania dotyczące ochrony przeciwpożarowej zapewniające bezpieczne przechowywanie tworzyw sztucznych. Na przykład magazyn powinien być wyposażony w znaki bezpieczeństwa oraz sprzęt gaśniczy, a strefy przechowywania powinny być wolne od otwartego ognia i gorących urządzeń. Ponadto butelki PET powinny być ułożone zgodnie z częstotliwością sprzedaży i zużycia, aby zwiększyć wydajność kompletowania zamówień – szybko rotujące pozycje powinny znajdować się najbliżej wejścia i wyjścia z magazynu. Dane branżowe wskazują, że optymalnie zaprojektowane, naukowo uzasadnione przechowywanie i klasyfikacja słoików PET przechowywanych luzem powodują uszkodzenie mniej niż 1% butelek oraz marnowanie mniej niż 1% kosztów magazynowania. Dodatkowo międzynarodowe standardy przechowywania materiałów opakowaniowych mogą ograniczyć potencjalne opóźnienia wynikające z procedur celnego rozrachunku w ramach transgranicznego łańcucha dostaw hurtowych butelek PET.
Hurtowe i długoterminowe, transgraniczne przechowywanie butelek PET wymaga szczególnych rozważań. Oprócz podstawowych czynników środowiskowych oraz ograniczeń dotyczących układania warstw opakowania w suchych obszarach stosuje się folię antystatyczną, aby zmniejszyć przyciąganie pyłu przez ładunek statyczny na powierzchni butelek, co wpływa na ich wygląd i funkcjonalność. Transgraniczne, długoterminowe przechowywanie i transport w obszarach o wysokiej temperaturze i wilgotności wymagają zastosowania woreczków pochłaniających wilgoć w uszczelnionym opakowaniu butelek PET oraz kontroli temperatury i wilgotności w miejscu przechowywania w celu zapewnienia stałych warunków środowiskowych. Współpraca z międzynarodowymi firmami transportowymi i logistycznymi umożliwia uzyskiwanie aktualizacji w czasie rzeczywistym podczas przechowywania i transportu, co pozwala dostosować środki ochronne do warunków środowiskowych. Ostatecznym efektem jest bezpieczne dotarcie partii butelek PET do magazynu docelowego bez uszkodzeń.