Malzeme bilimi uzmanları, PET (polietilen tereftalat) malzemesinin kimyasal özelliklerinin kararlı olduğunu ve bu malzemenin toksik olmadığını, ayrıca 40 °C'nin altındaki sıcaklık ve %40–60 nem koşullarında depolandığında değişmediğini belirtir. Doğrudan güneş ışığına maruz kalınmasını ve yüksek sıcaklıklardan kaçınılmasını gerekir; çünkü 70 °C'nin üzerindeki sıcaklıklarda PET şişeler yumuşar ve şekil değiştirir. Ayrıca ilaç ambalaj standartlarına uygun olan gıda sınıfı ve tıbbi sınıf şişeler bile yapısal bütünlüklerini kaybeder. En basit çözüm, dış duvarlarında gölgelendirme cihazları bulunan kapalı ve havalandırılmış bir depo kullanmak ve hava akımının duraklamasını önlemek için havalandırmayı açık tutmaktır. Ortam nem oranı yüksek bölgelerde, şişelerin yüzeyinde yoğuşma oluşmasını ve bunun sonucunda etiketlerin soyulmasını önlemek ile şişelerin ikincil kontaminasyonunu engellemek amacıyla nem alıcılar kullanılır.
Toplu PET şişelerin etkili depolanması, kullanılan palet türünün ve istifleme yoğunluğunun şişelerin bütünlüğüne doğrudan etki ettiğini gösterir. Boş gıda sınıfı PET şişeler ile kozmetik sprey içeren PET şişeler, sağlam ve düz plastik paletler üzerine en fazla 3 katman yüksekliğinde istiflenebilir. Daha yüksek katmanlar, şişelerin tabanında ezilme deformasyonuna neden olabilir. Dolu PET şişelerin istiflenmesi ise bir katman azaltılmalı ve temas yüzeylerine yumuşak çarpma önleyici pedler yerleştirilmelidir. Paletin tamamının sabitlenmesi için streç film kullanılmalı; ayrıca taşıma sırasında hasar oluşmaması için şişenin boynu palet sınırları içinde kalmalıdır. Toplu depolama için en ideal paletler, çoğu lojistik elleçleme cihazına uygun olan ve ikincil elleçleme sırasında şişe hasarı riskini en aza indiren 1,2 × 1,0 m boyutundaki standart paletlerdir.

PU şişeler için uygulama senaryolarına göre sınıflandırma, değişken depolama gereksinimleri nedeniyle oldukça yaygındır.
Meyve suları ve süt çayları için kullanılan gıda sınıfı PET şişeler, diğer ürünlerden ayrı olarak saklanmalıdır. Saklandıkları alan, kaymaz ve nem geçirmez kaplama ile döşenmiştir. Gıda sınıfı PET şişeler, kimyasal maddeler ve pestisit etiketli şişelerden çapraz kontaminasyonu önlemek amacıyla diğer ürünlerden en az 2 metre uzaklıkta, ayrı bir bölmede (kübikül) saklanır. Çocuklara karşı korumalı kapaklı tıbbi sınıf PET şişeler, kilitli bir dolapta saklanmalıdır. Bu dolabın saklama alanı, çocuklara karşı korumalı mühürün yerinden oynamasını azaltmak amacıyla tek bir iç rafa sahiptir. Markalı bir kozmetik logo sprey şişesi, şişelerin hareketini en aza indirmek için köpük dolgu ile birlikte saklanmalıdır. Logoların çizilmesini önlemek amacıyla özel logo baskılı ürünler, bireysel olarak ambalajlanmalıdır. Böyle bir depolama yöntemi, depoda verimli sipariş toplama veya sınıflandırma işlemlerini sağlar.
PET şişe toptan satış ve toplu depolama, sıkı parti kontrolü ve kalite denetimlerini gerektirir. Her bir toptan satış partisi PET şişesi, satın alma tarihi, ürün özellikleri ve uygulanabilir kategorilerle etiketlenmeli ve depoda açıkça belirlenmiş bölgelere parti bazında saklanmalıdır. Denetimler üç günde bir yapılmalı ve çarpık şişe gövdeleri, sağlam mühürler ve eksiksiz etiketleme kontrollerini içermelidir. Bir aydan fazla süreyle depolanmış PET şişeler için, şişe gövdesinin sızdırmazlığı ve yapısal bütünlüğü test edilmek üzere rastgele örnekleme yapılmalıdır. Örneğin, 60 ml püskürtmeli PET şişelerde bir partiden alınacak örnek oranı en az %1 olmalı ve kusurlu ürünler üretim ve kullanım süreçlerine karışmalarını önlemek amacıyla çıkarılıp ayrı tutulmalıdır. Bu standartlaştırma yöntemi, depolama sırasında kusurlu PET şişe oranını azaltarak ürünün kalitesini ve tutarlılığını önemli ölçüde sağlayabilir.
Uyumluluk depolaması, maliyet tasarrufuyla birlikte, PET şişelerin toplu halde bilimsel depolama yoluyla kalitelerinin korunmasını sağlamak için bir yöntem sunar. İşletme sağlık ve güvenlik yönetim sistemiyle birlikte, depo, plastik ürünlerin güvenli depolanması için yangın güvenliği gereksinimlerine uymak zorundadır. Örneğin, depoda güvenlik uyarı işaretleri ve yangın söndürme ekipmanları bulunmalı; ayrıca açık alevlerden ve sıcak ekipmanlardan uzak tutulmuş depolama bölgeleri oluşturulmalıdır. Ayrıca, PET şişelerin satış ve kullanım sıklığına göre düzenlenmesi, seçme (picking) verimliliğini artırmak açısından önemlidir; bu nedenle yüksek devir hızına sahip ürünler depo giriş ve çıkış kapısına en yakın konumlara yerleştirilmelidir. Sektör verileri, optimum aralıklarla yapılandırılmış bilimsel depolama ve toplu PET şişelerin sınıflandırılmasının şişelerin %1’inden azını hasara uğrattığını ve depolama maliyetlerinin %1’inden azını israf ettiğini göstermektedir. Ayrıca, ambalaj malzemelerine ilişkin uluslararası depolama standartlarının uygulanması, toptan satışta PET şişelerin sınır ötesi tedarik zincirinde gümrük beyannamesi sürecinde olası gecikmeleri azaltabilir.
PET şişelerin toptan ve uzun vadeli, sınır ötesi depolanması özel değerlendirmeler gerektirir. Temel çevresel faktörlerin yanı sıra istifleme sınırlarına dikkat edilmesi gerekir; kuru alanlarda ambalajlanan şişelerde, şişe yüzeyine yapışan statik tozu azaltmak ve görünüşü ile işlevini korumak amacıyla anti-statik film kullanılır. Yüksek sıcaklık ve yüksek nem koşullarında gerçekleştirilen sınır ötesi, uzun vadeli depolama ve taşıma işlemlerinde, PET şişelerin kapalı ambalajlarına nem emici paketler yerleştirilmesi ve depolama alanındaki sıcaklık ile nem düzeyinin kontrol edilerek sabit bir ortam oluşturulması gerekir. Gerçek zamanlı güncellemeleri depolama ve taşıma süreçlerinde alabilmek amacıyla uluslararası taşıma ve depolama şirketleriyle ortaklık kurulması, koruyucu önlemlerin ortama göre uyarlanmasını sağlar. Sonuç olarak, toplu haldeki PET şişeler hasar görmeden varış deposuna ulaşır.