Специалисты в области материаловедения отмечают, что химические свойства материала ПЭТ (полиэтилентерефталата) стабильны: он нетоксичен и не претерпевает изменений при хранении при температуре ниже 40 °C и относительной влажности 40–60 %. Необходимо избегать прямого солнечного света и высоких температур, поскольку при температурах свыше 70 °C ПЭТ-бутылки размягчаются и деформируются. Кроме того, даже бутылки пищевого и медицинского назначения, соответствующие стандартам фармацевтической упаковки, теряют свою структурную целостность. Самое простое решение — использовать закрытое и проветриваемое складское помещение с затеняющими устройствами на наружных стенах и включённой системой вентиляции для предотвращения застоя воздуха. В регионах с высокой относительной влажностью окружающей среды применяются осушители воздуха, чтобы предотвратить конденсацию влаги на поверхности бутылок (что вызывает отслаивание этикеток) и вторичное загрязнение бутылок.
Эффективное хранение крупногабаритных ПЭТ-бутылок означает, что тип поддона и плотность укладки напрямую влияют на целостность бутылок. Пустые ПЭТ-бутылки пищевого качества и ПЭТ-бутылки для косметических спреев можно укладывать максимум в 3 яруса на жёсткие и ровные пластиковые поддоны. Более высокая укладка может привести к деформации основания за счёт выдавливания. При укладке заполненных ПЭТ-бутылок количество ярусов следует сократить на один, а на контактные поверхности необходимо уложить мягкие противоударные прокладки. Для фиксации поддона в целом следует использовать стретч-плёнку, при этом горлышко бутылки должно оставаться в пределах габаритов поддона, чтобы избежать повреждений при транспортировке. Для массового хранения наиболее подходящими являются стандартные поддоны размером 1,2 × 1,0 м, поскольку они совместимы с большинством логистических погрузочно-разгрузочных устройств и минимизируют риск повреждения бутылок при вторичной обработке.

Классификация по сценариям применения является весьма распространённой для ПУ-бутылок из-за различий в требованиях к хранению.
Бутылки из ПЭТ пищевого качества, предназначенные для соков и молочных чаёв, должны храниться отдельно от других товаров. Площадка для их хранения покрыта противоскользящим и влагостойким покрытием. Бутылки из ПЭТ пищевого качества хранятся в отдельной секции — кабинке, расположенной на расстоянии более 2 метров от ёмкостей с химикатами и пестицидами, маркированных соответствующим образом, чтобы предотвратить возможное перекрёстное загрязнение. Бутылки из ПЭТ медицинского качества с детскими защитными колпачками должны храниться в запираемом шкафу. Внутри такого шкафа предусмотрена лишь одна полка, что снижает риск смещения детской защитной упаковки. Косметические распылительные бутылки с логотипом должны храниться с использованием пенопластовой прокладки для минимизации перемещения бутылок. Чтобы предотвратить царапины на логотипе изделий с индивидуальным дизайном, их следует упаковывать поштучно. Такой способ хранения обеспечивает эффективную комплектацию заказов или сортировку на складе.
Оптовая продажа и складское хранение бутылок из ПЭТ требуют строгого контроля партий и проверки качества. Каждая партия оптовых бутылок из ПЭТ должна быть маркирована датой закупки, техническими характеристиками изделия и применимыми категориями, а также храниться по партиям в чётко обозначенных зонах на складе. Проверки должны проводиться каждые три дня и включать осмотр на наличие деформированных корпусов бутылок, целостность уплотнений и полноту маркировки. Для бутылок из ПЭТ, находящихся на складе более одного месяца, следует проводить случайную выборку для проверки герметичности и структурной целостности корпуса бутылки. Например, для распылительных бутылок из ПЭТ объёмом 60 мл частота отбора проб в рамках одной партии должна составлять не менее 1 %, а выявленные бракованные изделия подлежат удалению и изоляции во избежание их попадания в производственные и эксплуатационные потоки. Такой стандартизированный подход существенно обеспечивает качество и однородность продукции за счёт снижения доли бракованных бутылок из ПЭТ в процессе хранения.
Соблюдение требований к хранению, наряду с экономией затрат, обеспечивает сохранение качества крупнотоннажно хранимых ПЭТ-бутылок за счёт научно обоснованных методов хранения. В сочетании с системой управления охраной здоровья и безопасностью труда на производстве склад должен соответствовать требованиям пожарной безопасности при хранении пластиковой продукции. Например, на складе должны быть установлены знаки безопасности и средства пожаротушения, а зоны хранения — находиться вне зоны воздействия открытого пламени и горячего оборудования. Кроме того, ПЭТ-бутылки следует размещать в соответствии с их частотой продаж и потребления для повышения эффективности комплектации заказов: наиболее востребованные позиции должны располагаться ближе всего к входу и выходу со склада. Отраслевые данные свидетельствуют, что оптимально спланированное научно обоснованное хранение и классификация крупнотоннажных ПЭТ-бутылок приводят к повреждению менее чем 1 % бутылок и снижают издержки на хранение менее чем на 1 %. Кроме того, соблюдение международных стандартов хранения упаковочных материалов позволяет сократить потенциальные задержки, связанные с таможенным оформлением при трансграничных поставках оптовых партий ПЭТ-бутылок.
Оптовое и долгосрочное трансграничное хранение бутылок из ПЭТ требует особых мер предосторожности. Помимо базовых экологических соображений и ограничений по укладке, упаковка в сухих помещениях осуществляется с использованием антистатической плёнки для снижения притяжения статической пыли к поверхности бутылок, что влияет на их внешний вид и функциональность. При трансграничном долгосрочном хранении и транспортировке в регионах с высокой температурой и влажностью в герметичной упаковке бутылок из ПЭТ необходимо использовать влагопоглощающие пакетики, а также обеспечить контроль температуры и влажности в зоне хранения для поддержания стабильных условий. Сотрудничество с международными компаниями, специализирующимися на транспортировке и хранении грузов, позволит получать оперативные обновления о состоянии груза в процессе хранения и транспортировки и, соответственно, корректировать защитные меры в зависимости от изменяющихся условий окружающей среды. В результате оптовые партии бутылок из ПЭТ прибудут на склад назначения без повреждений.