Фахівці з матеріалознавства стверджують, що хімічні властивості матеріалу ПЕТ (поліетилен-терефталат) є стабільними, а сам матеріал — нетоксичним і не змінюється при зберіганні за температурних умов нижче 40 °C та відносної вологості 40–60 %. Необхідно уникати прямого сонячного світла та високих температур, оскільки при температурах понад 70 °C ПЕТ-пляшки м’якнуть і деформуються. Крім того, навіть пляшки харчового та медичного класу, які відповідають стандартам фармацевтичної упаковки, втрачають свою структурну цілісність. Найпростішим рішенням є використання закритого та провітрюваного складу з затінними пристроями на зовнішніх стінах і ввімкненим провітрюванням для запобігання переважанню застоялого повітря. У регіонах із високою навколишньою вологістю застосовують осушувачі повітря, щоб уникнути конденсації на поверхні пляшок, яка призводить до відшарування етикеток, а також вторинного забруднення пляшок.
Ефективне зберігання великої кількості пляшок із ПЕТ означає, що тип палети та щільність укладання безпосередньо впливають на цілісність пляшок. Порожні пляшки з ПЕТ, придатні для зберігання харчових продуктів, а також пляшки з ПЕТ для косметичних спреїв можна укладати максимум у 3 шари на міцних і рівних пластикових палетах. Більша кількість шарів може призвести до деформації основи пляшок унаслідок витиснення. При укладанні заповнених пляшок з ПЕТ кількість шарів слід зменшити на один, а на поверхнях контакту слід розмістити м’які амортизаційні прокладки. Для фіксації палети в цілому слід використовувати стретч-плівку, а горловина пляшки має залишатися в межах палети, щоб уникнути пошкоджень під час транспортування. Для масового зберігання найбільш ідеальними є стандартні палети розміром 1,2 × 1,0 м, оскільки вони сумісні з більшістю логістичних обладнань і мінімізують ризик пошкодження пляшок під час вторинної обробки.

Класифікація за сценаріями застосування є дуже поширеною для пляшок із ПУ через різноманітні вимоги до зберігання.
Пляшки з ПЕТ-пластмаси харчового призначення, призначені для соків та молочних чаїв, повинні зберігатися окремо від інших товарів. Площа, де вони зберігаються, вистелена протисковзною та вологозахисною підлогою. Пляшки з ПЕТ-пластмаси харчового призначення зберігаються в окремій кабінці, розташованій на відстані понад 2 метри від інших пляшок із маркуванням «хімікати» та «пестициди», щоб запобігти будь-якому перехресному забрудненню. Пляшки з ПЕТ-пластмаси медичного призначення з дитячими замками повинні зберігатися в шафі з замком. Усередині такої шафи передбачена лише одна внутрішня полиця, щоб зменшити ризик випадкового зняття дитячого замка. Косметичні спрей-пляшки з логотипом повинні зберігатися з використанням поролонової прокладки, щоб мінімізувати рух пляшок. Щоб запобігти подряпинам на логотипі на товарах із індивідуальним логотипом, їх слід упаковувати окремо. Таке зберігання забезпечує ефективне комплектування замовлень або сортування товарів на складі.
Оптова продаж та масове зберігання пляшок із ПЕТ вимагають суворого контролю партій та якісного огляду. Кожну партію оптових пляшок із ПЕТ слід маркувати датою закупівлі, технічними характеристиками продукту та відповідними категоріями й зберігати за партіями у чітко визначених зонах складу. Огляди мають проводитися кожні три дні й включати перевірку наявності деформацій корпусу пляшки, цілісності пломб та повноти маркування. Для пляшок із ПЕТ, що перебувають на зберіганні понад один місяць, необхідно проводити випадкове відбіркове тестування корпусу пляшки на герметичність та структурну міцність. Наприклад, для спрей-пляшок із ПЕТ об’ємом 60 мл частка відбіркових зразків у межах однієї партії має становити щонайменше 1 %, а браковані вироби слід вилучати й ізолювати, щоб запобігти їхньому потраплянню в виробничий або експлуатаційний процес. Такий стандартизований підхід значно забезпечує якість та узгодженість продукту, знижуючи рівень браку пляшок із ПЕТ під час зберігання.
Зберігання відповідно до вимог, разом із економією коштів, забезпечує збереження якості великих партій пляшок із ПЕТ за допомогою науково обґрунтованих методів зберігання. У поєднанні з системою управління охороною праці та безпекою на виробництві склад повинен відповідати вимогам пожежної безпеки щодо безпечного зберігання пластикових виробів. Наприклад, на складі мають бути розміщені знаки безпеки та засоби пожежогасіння, а також зони зберігання, де заборонено наявність відкритого полум’я та гарячого обладнання. Крім того, пляшки з ПЕТ слід розміщувати з урахуванням їхньої частоти реалізації та використання, щоб підвищити ефективність комплектації: найбільш ходові товари мають розташовуватися найближче до входу та виходу зі складу. Згідно з галузевими даними, оптимально сплановане наукове зберігання та класифікація великих партій пляшок із ПЕТ призводять до пошкодження менше ніж 1 % пляшок і зменшують витрати на зберігання менше ніж на 1 %. Також міжнародні стандарти зберігання упаковочних матеріалів можуть зменшити потенційні затримки, пов’язані з митним очищенням під час міжнародних поставок оптом пляшок із ПЕТ.
Оптове та довгострокове транскордонне зберігання пляшок із ПЕТ вимагає особливих заходів. Разом із базовими екологічними вимогами та обмеженнями щодо укладання в штабелі, у сухих приміщеннях для упаковки використовують антистатичну плівку, щоб зменшити притягання статично зарядженого пилу до поверхні пляшок, що впливає на їх зовнішній вигляд та функціональність. Для довгострокового транскордонного зберігання та транспортування в районах з високою температурою й високою вологістю необхідно використовувати пакети-вологопоглиначі в герметичній упаковці пляшок із ПЕТ, а також забезпечувати контроль температури й вологості в приміщенні для зберігання, щоб створити постійний кліматичний режим. Співпраця з міжнародними компаніями з транспортування та зберігання дозволяє отримувати актуальні оновлення стану вантажу під час зберігання та перевезення, що дає змогу оперативно коригувати захисні заходи залежно від умов навколишнього середовища. У кінцевому результаті партії пляшок із ПЕТ без пошкоджень надходять на склад одержувача.